Несмотря на общий принцип электронного документооборота, маршруты для заключения экспертизы и декларации имеют принципиальные различия. Заявителем для внесения заключения ЭПБ в реестр выступает заказчик экспертизы — эксплуатирующая организация, которая обязана направить комплект документов не позднее 90 календарных дней со дня подписания заключения руководителем экспертной организации . Для декларации заявителем является организация или индивидуальный предприниматель, эксплуатирующие опасный производственный объект . Сроки регистрации также различаются: для заключения ЭПБ, поданного через ЕПГУ, установлен один рабочий день, для декларации — три рабочих дня; бумажные варианты для обоих случаев обрабатываются в течение пяти рабочих дней .
Состав документов и контролируемые параметры строго дифференцированы. Для заключения ЭПБ критически важна согласованность данных заказчика и экспертной организации, наличие и корректность сведений о лицензии, аттестации экспертов, выводе о соответствии и сроке дальнейшей безопасной эксплуатации. Для декларации основное внимание уделяется соответствию информации в заявлении и самой декларации: наименование и номер ОПО, класс опасности, количество опасных веществ, а также связанное заключение ЭПБ или результат госэкспертизы проектной документации . В обоих случаях отказ во внесении в реестр последует при наличии ошибок, неполных или противоречивых сведений, нечитаемых или повреждённых файлов, а также если заключение выдано организацией без лицензии или экспертом без аттестации (для ЭПБ) .
Для предотвращения отказов эксперты рекомендуют внедрить внутреннюю процедуру «тройного чтения»: идентификационное (сверка реквизитов организации и ОПО во всех файлах), смысловое (проверка соответствия сценариев и выводов реальной технологии) и техническое (проверка читаемости, схем, подписей и целостности файлов). Полезным методом является назначение двух независимых проверяющих: один отвечает за юридические и регистрационные реквизиты, второй — за технические показатели . Также рекомендуется провести «сухой прогон» отправки до 1 сентября и подготовить замещение на случай отсутствия основного сотрудника. Эксперты отмечают, что новый порядок требует от эксплуатирующих организаций более строгого внутреннего контроля и чёткого разделения обязанностей, однако делает взаимодействие с надзорным органом более прозрачным и оперативным.